南京航空航天大学的王牌专业主要包括:
1. 飞行器设计与工程
2. 飞行器动力工程
3. 工程力学
4. 机械工程
5. 电气工程与自动化
6. 计算机科学与技术
7. 信息与通信工程
8. 软件工程
9. 航空宇航科学与工程
10. 控制科学与工程
这些专业在第五轮学科评估中被评为A类学科,其中力学、机械工程、管理科学与工程被评为A级;航空宇航科学与工程、控制科学与工程、信息与通信工程、软件工程被评为A-级。飞行器设计与工程专业是国家级一流本科专业建设点和国家特色专业,飞行器动力工程专业也是国家级一流本科专业建设点、国家特色专业和江苏省品牌专业。