石河子大学有硕士点，石河子大学现共有30个硕士点。
| 学科代码 | 专业名称 | 招生院系 |
|---|---|---|
| 25100 | 金融 | 经济与管理学院 |
| 25200 | 应用统计 | 经济与管理学院 |
| 25400 | 国际商务 | 经济与管理学院 |
| 25700 | 审计 | 经济与管理学院 |
| 35101 | 法律（非法学） | 法学院 |
| 35102 | 法律（法学） | 法学院 |
| 35102 | 法律（法学） | 法学院 |
| 35200 | 社会工作 | 法学院 |
| 45101 | 教育管理 | 师范学院 |
| 45102 | 学科教学（思政） | 马克思主义学院 |
| 45103 | 学科教学（语文） | 文学艺术学院 |
| 45103 | 学科教学（语文） | 文学艺术学院 |
| 45104 | 学科教学（数学） | 理学院 |
| 45104 | 学科教学（数学） | 理学院 |
| 45105 | 学科教学（物理） | 理学院 |
| 45105 | 学科教学（物理） | 理学院 |
| 45106 | 学科教学（化学） | 化学化工学院 |
| 45107 | 学科教学（生物） | 生命科学学院 |
| 45107 | 学科教学（生物） | 生命科学学院 |
| 45108 | 学科教学（英语） | 外国语学院 |
| 45108 | 学科教学（英语） | 外国语学院 |
| 45109 | 学科教学（历史） | 马克思主义学院 |
| 45110 | 学科教学（地理） | 理学院 |
| 45110 | 学科教学（地理） | 理学院 |
| 45112 | 学科教学（体育） | 体育学院 |
| 45114 | 现代教育技术 | 师范学院 |
| 45115 | 小学教育 | 师范学院 |
| 45118 | 学前教育 | 师范学院 |
| 45200 | 体育 | 体育学院 |
| 45200 | 体育 | 体育学院 |
| 45300 | 汉语国际教育 | 文学艺术学院 |
| 45400 | 应用心理 | 师范学院 |
| 45400 | 应用心理 | 师范学院 |
| 55100 | 翻译 | 外国语学院 |
| 55200 | 新闻与传播 | 文学艺术学院 |
| 85400 | 电子信息 | 信息科学与技术学院 |
| 85400 | 电子信息 | 机械电气工程学院 |
| 85400 | 电子信息 | 信息科学与技术学院 |
| 85400 | 电子信息 | 机械电气工程学院 |
| 85500 | 机械 | 机械电气工程学院 |
| 85500 | 机械 | 机械电气工程学院 |
| 85600 | 材料与化工 | 化学化工学院 |
| 85900 | 土木水利 | 水利建筑工程学院 |
| 85900 | 土木水利 | 水利建筑工程学院 |
| 86000 | 生物与医药 | 生命科学学院 |
| 86000 | 生物与医药 | 食品学院 |
| 95131 | 农艺与种业 | 农学院 |
| 95131 | 农艺与种业 | 农学院 |
| 95132 | 资源利用与植物保护 | 农学院 |
| 95132 | 资源利用与植物保护 | 农学院 |
| 95133 | 畜牧 | 动物科技学院 |
| 95136 | 农业工程与信息技术 | 农学院 |
| 95136 | 农业工程与信息技术 | 农学院 |
| 95138 | 农村发展 | 经济与管理学院 |
| 95200 | 兽医 | 动物科技学院 |
| 95400 | 林业 | 农学院 |
| 95400 | 林业 | 农学院 |
| 105101 | 内科学 | 医学院 |
| 105102 | 儿科学 | 医学院 |
| 105103 | 老年医学 | 医学院 |
| 105104 | 神经病学 | 医学院 |
| 105105 | 精神病与精神卫生学 | 医学院 |
| 105106 | 皮肤病与性病学 | 医学院 |
| 105107 | 急诊医学 | 医学院 |
| 105108 | 重症医学 | 医学院 |
| 105109 | 全科医学 | 医学院 |
| 105110 | 康复医学与理疗学 | 医学院 |
| 105111 | 外科学 | 医学院 |
| 105113 | 骨科学 | 医学院 |
| 105114 | 运动医学 | 医学院 |
| 105115 | 妇产科学 | 医学院 |
| 105116 | 眼科学 | 医学院 |
| 105117 | 耳鼻咽喉科学 | 医学院 |
| 105118 | 麻醉学 | 医学院 |
| 105119 | 临床病理 | 医学院 |
| 105120 | 临床检验诊断学 | 医学院 |
| 105121 | 肿瘤学 | 医学院 |
| 105123 | 放射影像学 | 医学院 |
| 105124 | 超声医学 | 医学院 |
| 105200 | 口腔医学 | 医学院 |
| 105300 | 公共卫生 | 医学院 |
| 105400 | 护理 | 医学院 |
| 105500 | 药学 | 医学院 |
| 105500 | 药学 | 药学院 |
| 125100 | 工商管理 | 经济与管理学院 |
| 125200 | 公共管理 | 经济与管理学院 |
| 125200 | 公共管理 | 经济与管理学院 |
| 125300 | 会计 | 经济与管理学院 |
| 125300 | 会计 | 经济与管理学院 |
| 125500 | 图书情报 | 信息科学与技术学院 |
| 135101 | 音乐 | 文学艺术学院 |
| 135107 | 美术 | 文学艺术学院 |
| 135108 | 艺术设计 | 文学艺术学院 |
| 20200 | 应用经济学 | 经济与管理学院 |
| 30300 | 社会学 | 法学院 |
| 30500 | 马克思主义理论 | 马克思主义学院 |
| 40100 | 教育学 | 师范学院 |
| 50100 | 中国语言文学 | 文学艺术学院 |
| 70200 | 物理学 | 理学院 |
| 70300 | 化学 | 化学化工学院 |
| 70500 | 地理学 | 理学院 |
| 71000 | 生物学 | 生命科学学院 |
| 80200 | 机械工程 | 机械电气工程学院 |
| 81400 | 土木工程 | 水利建筑工程学院 |
| 81500 | 水利工程 | 水利建筑工程学院 |
| 81700 | 化学工程与技术 | 化学化工学院 |
| 82800 | 农业工程 | 机械电气工程学院 |
| 82800 | 农业工程 | 水利建筑工程学院 |
| 83200 | 食品科学与工程 | 食品学院 |
| 83300 | 城乡规划学 | 农学院 |
| 83900 | 网络空间安全 | 信息科学与技术学院 |
| 90100 | 作物学 | 农学院 |
| 90200 | 园艺学 | 农学院 |
| 90300 | 农业资源与环境 | 农学院 |
| 90400 | 植物保护 | 农学院 |
| 90500 | 畜牧学 | 动物科技学院 |
| 90600 | 兽医学 | 动物科技学院 |
| 100100 | 基础医学 | 医学院 |
| 100200 | 临床医学 | 医学院 |
| 100400 | 公共卫生与预防医学 | 医学院 |
| 100700 | 药学 | 药学院 |
| 101100 | 护理学 | 医学院 |
| 120200 | 工商管理 | 经济与管理学院 |
| 130400 | 美术学 | 文学艺术学院 |
石河子大学简介：
『历史沿革』1949年，中国人民解放军解放新疆的进军途中，第一兵团司令员王震指示创办了中国人民解放军第一兵团卫生学校（1978年发展为石河子医学院），成为石河子大学的前身。1958年，兵团党委创办兵团农学院（1979年改名石河子农学院），1959年创办了兵团会计培训队（1987年发展为兵团经济专科学校），1960年创建了兵团师范专科学校（1983年成立兵团教育学院）。1996年，石河子医学院、石河子农学院、兵团经济专科学校和兵团师范专科学校合并组建石河子大学。2000年，入选国家西部大开发重点建设高校。2004年，入选省部共建高校。
