截至2024年，日本医学院校排名如下：
东京大学医学部
综合指数： 91.9
偏差值： 74.8
特色： 医学部脑科世界闻名，课程基于临床医学，训练临床医生。设有分子细胞生物学、机能生物学、病因·病理学、生体物理医学、脑神经医学等4年制博士课程及医科学修士课程。年度偏差值约75.0，国家医师考试合格率91%。
京都大学医学部
综合指数： 90.5
偏差值： 74.2
特色： iPS细胞的发祥地，培养出多位诺贝尔奖获得者。专业涵盖医学医科学、社会健康医学系人类健康科学系、基因医学四大专攻。多功能干细胞研究所优秀研究成果，山中伸弥教授获2012年诺贝尔生理学或医学奖。
大阪大学医学部
综合指数： 88.8
偏差值： 72.3
特色： 医学是阪大的优势学科，曾有多位医学学者担任校长。不仅有医学部还有牙科学部。
庆应义塾大学医学部
综合指数： 87.0
偏差值： 71.8
特色： 作为私立大学中的第一名校，庆应义塾大学的师资以及教学力量毋庸置疑，但学费较为昂贵。
东京医科齿科大学医学部
综合指数： 86.0
偏差值： 71.7
特色： 日本最好的牙科大学，综合实力可与东大、京大一较高下。
九州大学医学部
综合指数： 84.2
西日本医学名校代表，世界知名度高。
东北大学医学部
综合指数： 86.0
以“研究第一”为目的，设立的高端研究教学设施，聘请高级顶端医学教员。
北海道大学医学部
综合指数： 84.2
位列日本著名医科大学之一。
东京慈恵会医科大学医学部
综合指数： 87.0
2020年泰晤士世界大学排名中，东京慈恵会医科大学排在601-800名，位居庆应义塾大学之上。
名古屋大学医学部
综合指数： 84.2
旧帝国大学之一，医学部实力强。
建议：
东京大学医学部和 京都大学医学部是日本最顶尖的医学院校，适合追求高学术水平和研究能力的同学。
大阪大学医学部和 庆应义塾大学医学部也是顶级选择，但学费较高，需要考虑经济承受能力。
东京医科齿科大学医学部在牙科领域具有显著优势，适合对牙科感兴趣的学生。
九州大学医学部、 东北大学医学部和 北海道大学医学部等也是不错的选择，根据个人兴趣和职业规划进行选择。
