中医药大学的系别设置因学校而异，但综合多所知名院校的设置情况，主要包含以下类型：
一、核心医学类
中医学系/中医学院
基础理论教学核心部门，设置中医基础理论、中医诊断学等课程。
中药学院/药学院
药物学、中药学、临床药学等专业方向。
针灸推拿学院
针灸学、推拿学、康复治疗学等课程。
中西医结合学院
中西医结合理论及临床实践教学。
二、临床医学类
临床医学院/第一/第二/第三临床医学院
设有口腔医学、临床医学、医学影像学等专业，部分院校与附属医院合署。
康复医学院/骨伤学院
康复治疗学、骨伤学、中医骨伤等方向。
三、辅助医学类
护理学院
护理学、护理学（口腔护理等方向）。
公共卫生与健康科学学院
预防医学、流行病学、卫生统计学等。
四、药学与制药类
药学院
除基础药学专业外，还涵盖制药工程、药物制剂等方向。
中药资源与开发学院
中药资源调查、中药现代化等特色方向。
五、其他特色学院
马克思主义学院 ：思想政治教育专业。
外国语学院/国际教育学院 ：外语教学、国际交流合作。
体育学院/艺术学院 ：体育教育、康复治疗技术（艺术康复方向）。
继续教育学院/成人教育学院 ：成人医学、老年医学等。
六、基础与研究类
基础医学院 ：中医基础理论、方剂学、中医诊断学等。
药学院 ：药物化学、药理学、中药鉴定学等。
注意事项
不同院校的院系设置存在差异，例如北京中医药大学设有制药工程系，广西中医药大学有骨伤学院和瑶医药学院等特色设置。
部分院校采用"学院+附属医院"模式，如第一临床医学院（口腔医学系）、第二临床医学院（医学影像学）等。
建议具体查询目标院校的官方招生简章或教务部门信息，以获取最新调整后的专业设置。
