东南大学目前设有 40个院系 ，具体设置如下（截至2025年最新数据）：
建筑学院
建筑学、城乡规划、风景园林、建筑环境与能源应用工程等
机械工程学院
机械工程、机械电子、机械设计、工业工程、车辆工程等
能源与环境学院
热能与动力工程、核工程与核技术、环境工程、新能源科学与工程等
信息科学与工程学院
海洋信息工程、信息工程、计算机科学与技术、人工智能等
土木工程学院
土木工程、给排水科学与工程、智能建造、工程力学等
电子科学与工程学院
电子科学与技术、通信工程、微电子科学与技术等
数学与信息工程学院
数学、自动化、计算机科学与技术、数据科学与工程等
物理与材料学院
物理学、材料科学与工程、光学工程等
生命科学与医学工程学院
生物医学工程、临床医学、药学等
经济管理学院
工商管理、会计学、金融工程等
人文与社会科学院
哲学、社会学、法学、公共政策等
外国语学院
英语、日语、法语等
艺术与设计学院
视觉传达设计、环境设计、艺术史等
其他特色学院
国际商学院、马克思主义学院、国家卓越工程师学院、网络空间安全学院、人工智能学院等
此外，学校还设有教育科学学院、体育系、艺术学院、法学院、公共卫生学院等独立院系，以及微电子学院、雷恩研究生院等特色机构。
